Si necesitas cortas un trozo de un vídeo desde línea de comandos en Linux, ya sea un .avi, .mpg o lo que sea puedes usar mencoder. Es tan sencillo como esto:
$ mencoder -of mpeg -ovc copy -oac copy -idx -ss 1000 -endpos 500 -o fichero_destino.mpg fichero_origen.mpg
Es decir, que copia y vídeo y el audio al formato que le especifiques (-of mpeg, avi, rawvideo), empezando en el segundo 1000 (-ss) y copiando los siguientes 500 segundos (-endpos). También reconstruye el índice del fichero destino (-idx).